“Alfabetização Acima de Tudo” não prevê oficialização de nenhum método, mas instrução fônica segue prestigiada no MEC.
A principal mudança trazida pela Política Nacional de Alfabetização é a fundamentação de novos programas e ações em evidências das ciências cognitivas, como foi feito em diversos países que melhoraram a qualidade da alfabetização, como Portugal, França, Reino Unido, EUA e Finlândia. A PNA pretende inserir o Brasil em um rol de países que escolheram a ciência como fundamento na elaboração de suas políticas públicas de alfabetização, trazendo os avanços das ciências cognitivas para a sala de aula. A ciência cognitiva da leitura, como um domínio das ciências cognitivas, apresenta um conjunto vigoroso de evidências sobre como as pessoas aprendem a ler e a escrever e quais são os melhores modos de ensiná-las.